慑，确保郑芝龙的后方相对“干净”。
当萨摩藩的统治机器开始轰鸣运转，郑芝龙的目光投向了北方广袤肥沃的肥后藩（熊本藩）。这里不仅是九州的内核腹地，更是德川幕府在九州的重要支柱加藤清正的领地。郑芝龙没有选择立刻大军压境，而是采用了“剥笋”战术。
明军水师加强了对肥后藩沿海的封锁，特别是针对其重要港口天草诸岛。所有试图运粮进入肥后的商船一律扣押，货物充公，人员暂时关押。同时，细作在肥后境内大肆散布谣言：加藤清正为保存实力，已暗中与明军议和，将牺牲边境的武士集团；明军拥有天雷地火，坚城难挡；抵抗者城破后男子为奴，女子充营妓。恐慌在肥后边境的城下町蔓延。
郑芝龙命令萨摩协从营和部分明军精锐，组成数支数百人的快速部队，不断袭扰肥后藩与萨摩接壤的边境据点（如八代城、水俣）。战术极其狠辣：利用火器优势远程打击，不追求占领，只以杀伤守军、焚毁粮仓、破坏水源、掳掠青壮为目标。得手后迅速撤回萨摩境内堡垒。这种持续不断的放血，让肥后边境守军疲于奔命，士气低落，许多村庄被遗弃，形成一片广阔的无人缓冲地带。
在持续骚扰数月，将肥后藩的注意力牢牢吸引在南部边境后，郑芝龙秘密调动主力。他并非直接强攻重镇熊本城，而是将目标锁定在肥后藩西部，相对孤立且富庶的天草诸岛。
天草盛产海产，有良港，且民风相对独立，历史上曾爆发过针对领主的“天草之乱”，与加藤家并非铁板一块。
郑芝龙的计划是：以绝对优势的水陆兵力，雷霆之势拿下天草诸岛，将其作为进攻肥后乃至整个九州西北部的跳板，并切断肥后通过西海获得外援的可能。同时，故意放松对南部边境某些小路的监视，给肥后守军一种“可以反攻萨摩薄弱点”的错觉——实则是引蛇出洞，准备在野战中歼灭其有生力量。
郑芝龙站在鹿儿岛城最高的箭楼上，北望肥后方向。海风猎猎，吹动他深蓝色的披风。脚下的城池已化为一座庞大的战争机器，工匠营的打铁声、军营的操练声、码头的号子声交织在一起。萨摩藩的银矿源源不断产出矿石，被溶铸成维持战争机器的银两；投降者的劳力夯实了堡垒的根基；细作的流言在邻藩的心脏地带悄然滋长。
郑芝龙手中那柄名为“战争”的利剑，已在萨摩的磨刀石上被反复抵砺，寒光四射。下一步，剑锋所指，便是肥后，继而将是整个九州。
每一步推进，都伴随着堡垒的创建、粮道的延伸、情报的渗透和降兵的裹挟。这不是疾风暴雨式的征服，而是如同巨蟒缠身般，缓慢、坚定、令人窒息地绞杀。
…
昭武三年，十二月十七日。
黎明前的黑暗笼罩着天草下岛的本渡湾。海风凛冽，涛声低沉。
鹿儿岛城的军议厅内，鲸油灯将郑芝龙的身影拉长，投在九州全图上。指尖重重按在天草诸岛的位置，声音在空旷的石室内回荡，冰冷而坚硬：“天草，即破肥后之匙。水陆并进，七日内，我要岛津（此处应为岛津，但天草为肥后所属，加藤清正领地）的旗，换成大明的日月！”
十艘明军蜈蚣快艇，船体涂黑，桨叶包裹棉布，如同幽灵般贴着海岸线滑行。每艇载二十名西厂番子与三十名明军死士。
番子身着暗红水靠，细剑紧缚身后；死士口衔短刃，背负火油罐与引火之物。他们避开浪花拍岸的礁石区，在守军巡逻的间隙，如同壁虎般悄无声息地攀上防守相对薄弱的崎津港北侧崖壁。哨塔上两名打着哈欠的足轻，咽喉几乎同时被细剑洞穿，尸体被轻轻放倒。
寅时三刻（约凌晨四点），崎津港内停泊的十二艘肥后水军小型关船（警固船）和几艘渔船，突然从内部爆出火光！西厂番子与死士点燃了火油罐，并破坏了船只的舵轮。火势借着风势迅速蔓延，港内一片混乱。凄厉的报警钟声刚敲响两下，便被一支精准射来的重弩箭钉死在钟架上。
几乎在港口火起的同时，海平面上亮起一片红光。李魁亲率的明军水师主力——十八艘福船、二十五艘苍山船，如同从墨海中浮出的巨兽，排成战列线，侧舷炮窗轰然洞开。
“放！”
李魁的令旗狠狠劈下。震耳欲聋的巨响撕裂了黎明！百馀门红夷炮、佛郎机炮、碗口铳同时喷吐火舌，炽热的铁弹、霰弹、燃烧弹如同毁灭之雨，倾泻在崎津港的木质栈桥、了望塔、岸防工事和惊慌失措的守军头上。木屑、碎石、残肢断臂在火光中飞溅。
炮火延伸复盖的同时，上百艘装载明军步兵的舢板、小艇，在水师炮火的掩护下，如同离弦之箭冲向已被炸得七零八落的滩头。第一波冲上滩头的是火枪兵！他们迅速列成三排，在军官嘶哑的号令下，对着任何试图组织抵抗的守军身影轮番齐射。铅弹形成的死亡弹幕压得幸存的守军抬不起头。紧随其后的刀牌手、长枪手怒吼着跃入残破的工事，与残存的守军展开残酷的白刃战。抵抗迅速瓦解，崎津港在辰时初（约七点）即告易手。
占领崎津港，仅仅是开始。