能是伤寒或痢疾）。药品奇缺，粮食也日渐匮乏。每天都有尸体被抬出，在城墙根下草草焚烧，焦臭的气味弥漫全城。绝望的情绪如同瘟疫般蔓延。一些下级武士和足轻开始私下串联，意图开城投降。
正月二十日夜，月黑风高。数道鬼魅般的猩红身影，利用守军疲惫和内部混乱的间隙，凭借超凡的轻功和辟邪剑法的诡异身法，悄无声息地潜入了熊本城的天守阁。他们的目标不是刺杀（家老们已无足轻重），而是纵火！同时，城内数处粮仓和武备库几乎在同一时间莫名起火！冲天烈焰瞬间照亮了夜空，城内一片大乱。
“明军攻城了！”
“天守阁着火了！”
恐慌的喊声响彻全城。本就士气低落的守军彻底崩溃，许多人丢下武器，试图打开城门逃跑。
城外的明军看到了城内冲天的火光和传来的混乱喧嚣。
郑芝龙果断下令总攻！
集中了上百门大小火炮，对着熊本城几处因混乱而防御薄弱的城墙段进行毁灭性的集中轰击。石屑纷飞，烟尘弥漫。
在炮火的掩护下，明军步兵扛着云梯，推着巨大的攻城槌，如同黑色的潮水般涌向城墙缺口和摇摇欲坠的城门。抵抗微乎其微。当沉重的攻城槌最终撞开熊本城巨大的城门时，映入明军眼帘的，是满城的大火、奔逃的溃兵和跪地乞降的守军。
肥后藩的心脏，熊本城，陷落了。
郑芝龙踏过还在冒烟的城门残骸，步入这座象征着加藤家荣耀的巨城。空气中弥漫着硝烟、血腥和焦糊的气味。街道上散落着丢弃的武器和尸体，幸存的守军和平民瑟缩在角落，眼神中充满了恐惧和麻木。
郑芝龙没有丝毫胜利者的喜悦，只有冰冷的效率。他立即下令：
一，所有被俘的肥后藩中高级武士、参与过八代城外战斗或熊本城最后抵抗者，无论投降与否，一律处决。首级筑成京观，立于城门外。家老及其亲信二十馀人，被押至加藤清正战死的八代谷地，当众斩首。
二，全力扑灭馀火，抢救未被焚毁的粮仓、武库。缴获的武器、铠甲、金银、粮秣、马匹等，全部登记造册，充入军资。
三，城中青壮男子（武士、足轻、平民），除少数有特殊技艺者（如铁匠、医师），其馀一律与之前萨摩藩的俘虏同等对待，押送后方矿场或工程营。妇孺老弱集中管制。熊本城本身，参照鹿儿岛模式，开始进行彻底的军事堡垒化改造。
郑芝龙站在尚未清理完毕的天守阁废墟上，眺望着北方和东方更为潦阔的九州大地——日向、丰前、丰后、筑前、筑后
肥后的陷落，如同在九州的心脏上狠狠剜了一刀。萨摩-天草-肥后，三点连成一片，形成了一块稳固而庞大的前进基地。水师舰队获得了鹿儿岛和天草两大优良基地，控制范围更广。陆上，从萨摩经肥后通向九州腹地的道路已被打通。匠作营的规模再次扩大，利用肥后藩相对丰富的资源（特别是森林和铁矿），生产能力倍增。更多的降兵经过筛选，被补充进“协从营”，他们将在未来进攻其他藩国时，扮演更“积极”的角色。西厂的阴影，伴随着郑芝龙的脚步，更深地渗透向九州每一个角落的阴暗之中。
郑芝龙没有在熊本多做停留。留下重兵驻守、整肃、改造后，他带着主力部队，携大胜之威，马不停蹄地挥师东进。他的下一个目标，是土地肥沃、濒临丰后水道的日向藩（宫崎）。
九州岛的征服之路，在熊本城的馀烬中，踏上了新的血腥征程。每一步的推进，都伴随着堡垒的创建、降兵的裹挟和反抗者的鲜血，如同滚雪球般，势不可挡地碾向最终的终点——九州全境。
肥后藩的陷落与加藤清正的战死，如同投入平静湖面的巨石，在列岛诸候间掀起惊涛骇浪。恐惧、愤怒、猜忌与求生本能交织，一场针对大明远征军的联合风暴，开始在九州乃至本州岛的暗影中蕴酿。
消息首先在九州内部炸开。
伊东佑兵（日向佐土原藩主）闻讯，面如土色。他的领地紧邻新沦陷的肥后，首当其冲。郑芝龙主力东进的传闻更让他寝食难安。他一面紧急加固都城佐土原城，征发领内所有青壮，一面火速派出心腹家臣，携带重礼和求救信，分别向北方的大友义统（丰后，大分）和东方的岛津忠恒（萨摩新藩主，名义上臣服于明，实则暗中蛰伏）求援。
信中措辞哀切：“明寇凶焰滔天，肥后已覆，唇亡齿寒！恳请诸公念及同气连枝，速发援兵，共御强敌！”
丰后府内城（大分市）内，大友义统捏着伊东的求救信，指节发白。大友家早已衰落，不复当年“九州三国志”时的荣光。他既恐惧明军的兵锋，又对近邻岛津家（虽名义降明）深怀戒心。更棘手的是，他的领地直面明军水师控制的丰后水道，压力巨大。
谋士建议：“明军势大，不可力敌。然坐视日向陷落，丰后门户洞开，我亦危矣！当速联岛津（忠恒）、立花（宗茂），乃至筑前、筑后诸藩，共组义军！”
大友义统最终下定决心，一面回信伊东承诺支持（但兵力有限），一面派出