第一境试炼通过后，本源神殿的第二层大门打开，探索队进入“协作试炼场”——试炼场中是一片“本源迷宫”，迷宫的墙壁由本源能量构建，每道墙壁上都有一个“能量缺口”，只有注入15个宇宙的“跨群本源能量”，才能打开缺口；迷宫中还隐藏着“本源幻象”，幻象会模拟15个宇宙的“利益冲突场景”，试图分裂探索队的协作；“第二境‘跨群协作之诚’——你们需在6小时内，通过跨群协作走出本源迷宫，若因内部冲突导致超时，试炼失败。”本源守护灵的声音在迷宫中回荡。
探索队立即制定协作方案：“15个宇宙的队员每3人组成一个‘跨群小组’，每个小组负责打开一道墙壁的能量缺口；‘新域号’‘维度号’‘星核号’分别位于迷宫的前、中、后三个位置，通过灵脉网络协调各小组的行动；所有队员需坚定跨群共生意志，不受本源幻象干扰！”林风下令，跨群小组迅速行动，向墙壁的能量缺口注入各自宇宙的本源能量。
但迷宫中的本源幻象很快出现——有的幻象模拟“多态宇宙与星核宇宙争夺本源能量”的场景，有的幻象制造“边缘宇宙质疑核心宇宙分配不公”的矛盾，部分队员的意志开始动摇，甚至出现争吵；“大家不要被幻象迷惑！跨群共生不是利益争夺，而是共同守护！想想我们解决星核能量扩散难题、构建双群能量循环的过程，这些都是协作的成果，不是冲突的理由！”星核主的声音带着本源能量的威严，通过灵脉网络传递到每个队员心中。
队员们瞬间清醒，重新聚焦协作——多态宇宙的队员主动帮助星核宇宙的队员调整能量注入角度，边缘宇宙的队员与核心宇宙的队员共同优化能量分配比例；4小时后，探索队成功走出本源迷宫，本源守护灵的能量体再次波动：“你们能在幻象中坚守协作，证明你们具备‘跨群共生的诚意’——第二境‘跨群协作之诚’，通过。”。
第三境试炼在本源神殿的顶层“本源祭坛”开启——祭坛上漂浮着“本源共生因子”，但因子周边环绕着“本源考验能量”，能量中蕴含着“极端共生危机”的模拟场景：15个宇宙的灵脉网络突然出现“本源断裂”，多群枢纽的能量体系濒临崩溃，只有牺牲3个宇宙的部分灵脉能量，才能修复断裂，保住整个跨群体系；“第三境‘共生坚守之韧’——你们需在1小时内做出选择，若选择‘牺牲少数保全多数’，将被视为‘背离共生平等原则’，若选择‘拒绝牺牲导致体系崩溃’，将被视为‘缺乏共生担当’，只有找到‘不牺牲任何一方的解决方案’，才算通过试炼。”本源守护灵的声音带着考验的严肃。
探索队陷入沉思——若牺牲3个宇宙的灵脉能量，违背跨群共生的“平等原则”；若拒绝牺牲，整个体系将崩溃；“我们可以利用本源适配核心的‘本源能量转化功能’，将跨群体系中‘闲置的能量’集中起来，补充本源断裂处！”维度衍突然想到解决方案，“多群枢纽中储存的熵增转化能量、星核宇宙的备用星核能量、多态宇宙的分散灵脉能量，只要将这些闲置能量通过本源适配核心转化为‘本源修复能量’，就能在不牺牲任何一方的情况下，修复本源断裂！”
探索队立即行动——15个宇宙的队员通过灵脉网络，将各自宇宙的闲置能量注入本源适配核心；核心释放出淡白色的“本源修复能量”，如同精准的能量流，注入祭坛模拟场景中的本源断裂处；30分钟后，本源断裂被成功修复，跨群体系恢复稳定；本源守护灵的能量体剧烈共鸣：“你们用‘不牺牲、共担当’的方案通过考验，证明你们具备‘跨群共生的韧性’——第三境‘共生坚守之韧’，通过。”
【获取本源共生因子与升级本源共生枢纽】
三境试炼全部通过后，本源祭坛上的“本源共生因子”缓缓飞入本源适配核心——因子融入核心的瞬间，核心爆发出璀璨的淡白色光芒，15个宇宙的灵脉网络同步震颤，与宇宙本源建立起深度连接；本源守护灵的声音带着欣慰：“本源共生因子已与你们的跨群体系绑定，从此，你们的共生体系将扎根宇宙本源，获得永恒的能量滋养，再也不会因能量冲突或体系波动而崩溃；灵脉本源遗址将成为你们的‘本源补给站’，当跨群体系需要本源能量时，可随时前来汲取。”
本源探索队带着本源适配核心返回多群共生枢纽时，15个宇宙的文明成员早已在枢纽周边等候——当核心被放置在枢纽的“本源激活台”上时，枢纽爆发出蓝白金三色交织的“本源共生能量流”，能量流顺着灵脉网络，覆盖15个宇宙的每一个灵脉节点；多群共生枢纽开始升级，原本的蓝金色外观逐渐变为淡白与蓝金交织的“本源形态”，枢纽中心新增“本源共生核心”，能实时与宇宙本源保持共鸣，自动调节跨群能量的平衡。
升级过程中，意外突然发生——部分边缘宇宙的灵脉节点因突然涌入的本源能量，出现“能量过载”的迹象，节点表面开始闪烁红色警报；“立即启动本源适配核心的‘能量分流功能’，将过载的本源能量引导至本源缓冲屏障，转化为‘温和适配能量’后再注入节点！”绿薇下令，核心释放出淡绿色的分流能量，将过载的本源能量导入屏障