这些典籍藏起来，等待时机让它们重见天日。”于是，他把重要典籍藏到夹壁墙内，只交出一些无关紧要的去搪塞官府。
同是博士的伏胜，也把一部《尚书》秘密地藏了起来。
然而，大部分士人都不敢砍头的冒险，民间的简册几乎被焚烧一空。于是，四海之内再也听不到读书之声，官吏成为民众学习的唯一对象。
始皇帝对焚书效果非常满意。从此，没有人胆敢妄议朝廷，让他凭空增添了许多自信。于是，做事更加为所欲为，反正也没人提出反对意见。
始皇帝认为咸阳人口多，先王的宫廷太窄小，就在渭水南上林苑内修建朝宫。先建了前殿阿房宫，东西长五百步，南北宽五十丈，宫殿可以容纳一万人，下面可以树立五丈高的旗帜。四周架设天桥，从宫殿一直通到南山。在南山顶峰修建门阙。又修造天桥，从阿房宫跨过渭水，与咸阳宫连接起来。为修建阿房宫，征发徒刑七十多万人。另派一部分刑徒去营建骊山陵墓。从北山开采来石材，从蜀地、楚地运来木料。关中共建造宫殿三百座，关外共建造宫殿四百座，还在东海边的朐山上竖立大石，作为秦朝的东大门。为了这些工程，迁徙三万家到骊邑服劳役，五万家到云阳服劳役。
始皇帝大搞徭役征发，完全不顾民众死活。修宫殿、造陵墓、修长城、开驰道，无穷无尽的繁重劳役，使百姓有家难回，有田难耕，苦苦地挣扎在死亡线上。老百姓如果稍有不从，就会受到严酷的惩罚。
人们都看出社会的危机，但没有人敢说什么。大臣们只歌功颂德，博士们被禁口不言。朝廷的严酷法令，弄得人人自危，保不定什么时候就会掉了脑袋。连始皇帝迷信的方士，也感觉生命受到了威胁。
燕国那帮方士们，既没有见到仙真人，也没有找到不老之药；只能用一个又一个谎言来欺骗始皇帝。这样下去，总有一天方术露了馅，那后果便不堪设想了。为此，卢生与侯生私下商量。
卢生说：“秦法规定：方术不能应验，就要被处死的。”
侯生说：“始皇帝为人，粗暴凶狠，自以为是。他专门任用狱吏，狱吏得到宠幸；喜欢施用重刑，用杀戮显示威严。”
两人越说越担心，便把始皇帝咒骂一通，带着金币细软逃跑了。
始皇听说二人逃跑，十分恼怒地说：“朕征召各地方术之士，想要他们炼造仙丹、寻找奇药。可是，徐福出海杳无音讯，韩终出海一去不返。为此耗费黄金数以万计，最终也没有得到仙药。朕非常尊重卢生，赏赐他十分优厚，如今竟然诽谤朕，诋毁朕没有德行。这些人在咸阳的，朕派人查问过，有的竟妖言惑众，扰乱民心。”
于是，派御吏冯劫立案严格审查。
这些人不堪折磨，互相告发，竟牵连出四百六十多人。
始皇帝把他们从名籍除名，判决他们全部活埋。
始皇帝长子扶苏听说后，立即进宫劝谏：“天下刚刚平定，远方百姓还没有归附，儒生们诵读《诗》、《书》，效法孔子。现在陛下都用重法制裁他们，儿臣担心天下将会不安，希望陛下明察！”
始皇帝听了非常生气，就派扶苏离开咸阳，去上郡监督蒙恬的军队。
在一个阴冷的早晨，四百六十多方士和儒生，被凶神恶煞的狱吏用绳索串连起来，押解进骊山的一个幽深山谷。忽然间，土石从上面倾倒而下，只听得哭嚎声在山谷回响。经过一个时辰，哭声渐渐地稀疏了，最终归于平静……